Program Studi Pendidikan Profesi Apoteker mempunyai beberapa laboratorium yang menunjang proses pembelajaran mahasiswa. Diantaranya adalah Lab. Teknologi Farmasi, Lab. Komunikasi, Lab. Farmakologi, Lab. Mikrobiologi, Lab. Kimia Analisis, Lab. Biologi Farmasi dan Lab. Farmasetika.
Selain itu, guna menyukseskan terlaksananya Visi dan Misi Prodi Farmasi FKIK UMY dalam meningkatkan kualitas pendidikan lulusan UMY dan Prodi Farmasi khususnya, maka disediakannya Laboratorium Komputer yang bisa digunakan untuk akses berbagai informasi dan sebagai media melatih skill komunikasi mahasiswa.